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為了了解LHX2是如何穩(wěn)定的與Greek island接觸的,作者研究了LHX2(LIM區(qū)域蛋白)是否招募了邊緣結(jié)合蛋白(LDB1)。作者對LDB1進(jìn)行的染色質(zhì)免疫沉淀和測序(ChIP-seq),發(fā)現(xiàn)mOSNs與LHX2峰有密切重疊。與此*的是,每個Greek island都以LHX2-dependent的方式被LDB1綁定。在mOSNs中刪除LDB1,導(dǎo)致反式Greek island和遠(yuǎn)距離順式Greek island相互作用的強烈減少(圖4a, b),OR集群之間反式交互減少,在全基因組中效應(yīng)更弱。值得注意的是,RNA-seq顯示LDB1的缺失導(dǎo)致ORs廣泛的轉(zhuǎn)錄下調(diào)(圖4c),其可能受限于OR家族(圖4d)。
4. Greek island中心與活躍的OR基因有關(guān)
為了檢測Greek island中心是否通過與OR基因直接相互作用調(diào)節(jié)OR轉(zhuǎn)錄,作者在OR基因 Olfr16、Olfr17和Olfr1507進(jìn)行了原位Hi-C實驗。在這些OSN種群中,整體OR集群網(wǎng)絡(luò)與Greek island的相互作用在很大程度上是相同的,但也觀察到OSN類型特異性變異。然而,在每一種OSN類型中,轉(zhuǎn)錄活躍的OR始終與Greek islands形成頻繁的相互作用。例如,在OLFR16+ OSNs中,OLFR16位點與Greek islands的順式長交互和反式相互作用強烈,5%的Hi-C接觸點映射到Olfr16。在OLFR17+OSNs和OLFR1507+ OSNs中,它主要與附近的Greek islands相互作用(圖5a, b)。值得注意的是,在OLFR16+細(xì)胞中,相對于完整的OR譜,Greek island上的聯(lián)系在Olfr16位點得到額外的加強(圖5b, 5c)。因此,通過基因與Greek islands的累積相互作用,原位Hi-C可以準(zhǔn)確地從近1000個基因中識別到轉(zhuǎn)錄活躍的OR。