第三代測序技術又稱為單分子DNA測序，即通過現(xiàn)代光學、高分子、納米技術等手段來區(qū)分堿基信號差異的原理，以達到直接讀取序列信息的目的。目前商業(yè)化主流的三代測序技術是Pacific Biosciences公司的SMRT技術和Oxford Nanopore Technologies公司的納米孔單分子技術。與前兩代技術相比，他們最大的特點是單分子測序，其中SMRT技術利用熒光信號進行測序，而納米孔單分子測序技術利用不同堿基產生的電信號進行測序。

目前長讀長測序的三代測序平臺，已廣泛應用于復雜動植物基因組、微生物基因組、全長轉錄組、微生物群體研究及人類基因組變異檢測等領域的科研項目中，以解決這些科研領域檢測技術瓶頸的問題。在臨床疾病檢測方面，三代測序技術在基因組結構變異、短串聯(lián)重復/微衛(wèi)星、甲基化檢測等遺傳病及腫瘤基因檢測相關領域具有獨到的優(yōu)勢，目前基于三代測序技術的遺傳病基因診斷產品層出不窮。

提取后DNA/RNA的質量會影響文庫制備，因為選擇不同的提取方法，DNA/RNA樣品中會有不同的化學試劑殘留可能抑制酶的活性，同時DNA/RNA的完整性影響下游文庫制備效率，進而影響測序質量。

不同于二代測序的堿基質量標準Q20/Q30，三代測序由于其隨機分布的堿基錯誤率，其單堿基的準確性不能直接用于衡量數(shù)據(jù)質量。最直接的方法是看長度。長度短的測序數(shù)據(jù)不一定差（與文庫大小有關），但差的數(shù)據(jù)長度一定短。在上游測序，最關鍵的影響因素是文庫的構建。高質量的文庫產出的數(shù)據(jù)長度長，質量好；而低質量的文庫產出的數(shù)據(jù)長度短，質量差。

• PacBio 測序數(shù)據(jù)QC：數(shù)據(jù)產出（G）、酶讀長、插入片段長度、subreads N50

• nanopore測序數(shù)據(jù)QC：數(shù)據(jù)產出（G）、平均讀長、平均質量值（Q）、Read length N50、最長reads長度及質量值，最重要的兩個指標為長度分布與平均Q值。

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