目前，傳統(tǒng)的雙參數(shù)直方圖(點狀圖)“門控”分析方法仍然被頻繁使用。但隨著流式細胞術實驗的參數(shù)和復雜性的增加，新的聚類數(shù)據(jù)分析方法得到使用，比如PCA、SPADE以及tSNE等，這些新的數(shù)據(jù)分析方法使研究者能夠從流式細胞術高維數(shù)據(jù)中提取有用的信息。

FCS文件標準

FCS文件格式創(chuàng)建于1984年，用于標準化流式細胞術列表模式數(shù)據(jù)文件。所有流式細胞術數(shù)據(jù)文件都有“.fcs”文件擴展名，以被任何的流式細胞術分析程序讀取。目前，F(xiàn)CS文件標準是FCS 3.1。

常規(guī)流式細胞術分析

常規(guī)的流式細胞術分析，即選定目標細胞群所在區(qū)域(門控)，并根據(jù)實驗需要，選擇參數(shù)對選定的細胞群進行分析。例如，輔助T細胞群先根據(jù)CD3+、CD4+的表達被選定。之后，再根據(jù)活化標記物(比如CD25)的表達選定活化細胞群所在區(qū)域，進行活化分析。

常規(guī)流式細胞術分析中的“門控”

除了與流式細胞儀配套的軟件之外，還有多種商業(yè)化計算機程序能夠用于流式細胞術數(shù)據(jù)的分析。目前，常用的流式分析軟件有FlowJo、WinList、FCS Express、Kaluza和WinMDI。

細胞周期分析

細胞周期分析軟件程序使用倍性建模來確定由 DNA 直方圖表示的細胞周期階段。ModFit LT是一個專門用于這類分析的程序。此外，F(xiàn)lowJo有一個細胞周期分析模塊。

高維數(shù)據(jù)分析

使用常規(guī)流式細胞術分析方法對高維數(shù)據(jù)進行分析是繁瑣的，會消耗大量時間，因為高維數(shù)據(jù)往往含有14個以上的參數(shù)。另外，使用常規(guī)的“門控”方法難以確定多個標記之間的關系，可能會導致目標細胞群的丟失。目前，已有多個新的分析工具可用于高維數(shù)據(jù)的分析以及可視化，比如SPADE (Spanning-tree progression analysis of density-normalized events)，tSNE (t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding)，PCA (Principal component analysis)，以及FLOCK (FLOw clustering without K)。算法上，tSNE與PCA相似，但是tSNE能夠比PCA識別出更多的共分離特性。tSNE可作為FlowJo和FCS Express的插件使用。

此外，Cytobank是一個高維數(shù)據(jù)的云端分析系統(tǒng)，分析參數(shù)可達30個以上。在這里，用戶通過上傳數(shù)據(jù)并選擇相應的分析項目進行數(shù)據(jù)分析。Cytobank的聚類、降維和可視化工具充分利用云計算的可伸縮性，可快速進行大量分析。
上海研域生物一直致力于為廣大高校、科研院所和企事業(yè)單位提供的科研試劑和完善的技術服務，滿足生物化學、分子生物學、流式細胞生物學、免疫學等生物科技實驗需求。