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對普通PCR儀來說，溫度控制指標(biāo)主要是指溫度的準(zhǔn)確性、均勻性、以及升降溫速度，對梯度PCR儀來說，除了溫度的準(zhǔn)確性和均勻性、升降溫速度以外，還必須考慮儀器在梯度模式和標(biāo)準(zhǔn)模式下是否具有同樣的溫度特性。
溫度的準(zhǔn)確性是指樣品孔溫度與設(shè)定溫度的一致性，它直接關(guān)系到實(shí)驗(yàn)的成敗。如果排除樣品加入過程中的問題，對于PCR反應(yīng)而言*重要的莫過于溫度控制的準(zhǔn)確性，由于PCR是一個(gè)幾何級(jí)數(shù)擴(kuò)增的過程，擴(kuò)增過程中退火溫度的細(xì)微變化會(huì)被放大而直接影響結(jié)果，不論是變性、退火還是延伸都需要準(zhǔn)確控制溫度，對退火溫度而言溫控顯的尤為重要，有時(shí)1度甚至0.5度的差異也能決定實(shí)驗(yàn)的成功與失敗，所謂差之毫厘，謬之千里。因而對PCR擴(kuò)增儀而言溫度控制就意味著質(zhì)量。
溫度的均勻性是指樣品孔間的溫度差異，它關(guān)系到在不同樣品孔進(jìn)行反應(yīng)結(jié)果的一致性。我們在實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)有時(shí)用同樣的樣品，同樣的PCR反應(yīng)程序，*后的結(jié)果竟然差異非常明顯，或許就是因?yàn)椴煌恢玫臏囟炔痪恍运?。一些使用過早期PCR儀的腦子格外靈光的研究人員偏愛使用PCR儀中間某幾個(gè)固定的孔，就是因?yàn)檫^往反復(fù)的教訓(xùn)和認(rèn)真的思索得出了這樣的結(jié)論，PCR儀的溫度均勻性不好，特別是*外周的樣品孔情況更差，很有可能影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果——即“位置的邊緣效應(yīng)”會(huì)影響結(jié)果的可重復(fù)性。正是這種位置效應(yīng)對定量PCR的結(jié)果的影響更為明顯，所以后來才有Roche和Cobbett的離心式定量PCR的重大**。
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