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DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)服務(wù)
  • DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)服務(wù)

貨物所在地:河北保定市

更新時(shí)間:2024-05-27 17:07:40

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DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn),使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質(zhì)量的限制,為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。我們可為您提供DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析,具有100多個(gè)物種,1000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn),歡迎咨詢。

DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)服務(wù)


在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)(TFBS)的發(fā)掘一直是研究熱點(diǎn)。傳統(tǒng)的ChIP-seq(染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序)方法,在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測(cè)到TFBS。然而,好的抗體可遇不可求,這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用。DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn),使TFBS 的研究不再局限于物種,不再受抗體質(zhì)量的限制,為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。


DAP-seq與ChIP-seq技術(shù)對(duì)比:

技術(shù)名稱DAP-seqChIP-seq
實(shí)驗(yàn)?zāi)J?/span>體外體內(nèi)
是否需要特異性抗體
是否適用于非模式物種
時(shí)間成本
是否高通量












服務(wù)項(xiàng)目周期交付結(jié)果報(bào)價(jià)
蛋白表達(dá)載體構(gòu)建1-2周

構(gòu)建載體的測(cè)序結(jié)果

實(shí)驗(yàn)過程圖

原始測(cè)序數(shù)據(jù)

分析結(jié)果

詳細(xì)報(bào)價(jià)請(qǐng)咨詢

蛋白無細(xì)胞表達(dá)1-2周
DAP-seq文庫構(gòu)建1周
DNA親和純化1-2周
上機(jī)測(cè)序2周
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析2周

生信分析


  • 對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理

  • 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)

  • 參考序列比對(duì)分析  

  • 測(cè)序reads富集區(qū)域掃描(peak calling)

  • Peak在基因功能元件上的分布統(tǒng)計(jì)

  • Peak序列模式發(fā)掘(motif search)

  • 已知motif注釋

  • Peak相關(guān)基因鑒定

  • Peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析

  • 測(cè)序數(shù)據(jù)的可視化分析



項(xiàng)目可行性分析

開展項(xiàng)目之前,我們會(huì)根據(jù)您具體的轉(zhuǎn)錄因子做可行性分析報(bào)告,供您參考,從多個(gè)方面進(jìn)行可行性分析,包括轉(zhuǎn)錄因子分子量,亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè),跨膜區(qū)預(yù)測(cè),蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)、翻譯后修飾預(yù)測(cè),并且根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道和我們的經(jīng)驗(yàn)來進(jìn)行可行性分析。



已做物種
植物
擬南芥莖瘤芥甘藍(lán)型油菜白菜型油菜不結(jié)球白菜菜心小麥大麥花生
辣椒番茄草莓黃花棘豆苦蕎紅薯木薯馬鈴薯普通煙草
人參鴨茅海島棉
甘蔗短芒大麥草二色補(bǔ)血草煙草百脈根芍藥
丹參狗尾草菠菜玉米大豆高粱藜麥陸地棉甜瓜
黃瓜葡萄灰氈毛忍冬粉葛三葉青獼猴桃香蕉蒺藜苜蓿紫花苜蓿
伴礦景天苔蘚地錢毛果楊717楊84K楊小黑楊胡楊山新楊
小葉楊歐美楊大青楊毛白楊剛毛檉柳白樺光皮樺油松毛竹
麻竹銀杏油桐荔枝柑橘甜橙歐洲云杉核桃柿子
閩楠木荷臍橙板栗杜梨蘋果
櫻桃麻瘋樹茶樹月季



動(dòng)物
飛蝗新孢子蟲





真菌
擬輪枝鐮孢菌豬苓真菌意大利青霉草酸青霉腐霉金黃殼囊孢靈芝糙皮側(cè)耳草菇
灰蓋鬼傘蟲草亞洲鐮刀菌





細(xì)菌
路德維希腸桿菌嗜熱厭氧桿菌生氮假單胞菌伯克赫爾德氏菌布魯氏菌肺炎克雷伯菌






我們可為您提供DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析,具有100多個(gè)物種,1000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn),歡迎咨詢。


參考文獻(xiàn):

O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

2016-Cell-DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.pdf


Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

2017-Nature Protocols-Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.pdf


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