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Q Exactive HF DIA實(shí)現(xiàn)高通量 酵母蛋白質(zhì)組定量
閱讀：532 發(fā)布時(shí)間：2019-4-14| 提 供 商 | 上海斯邁歐分析儀器有限公司 | 資料大小 | 738.4KB |
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數(shù)據(jù)非依賴性的掃描模式（data-independent acquisition, DIA）是近幾年來(lái)發(fā)展的一種新的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方式(1)。 DIA 掃描模式中，利用超高分辨質(zhì)譜對(duì)特定質(zhì)量范圍內(nèi)的 所有母離子進(jìn)行碎裂，采集所有母離子的碎片離子，并依 次快速地掃描相鄰的母離子窗口內(nèi)的所有碎片離子。DIA 的數(shù)據(jù)中包含了所有碎片離子的保留時(shí)間和強(qiáng)度信息。因 此，可以用非常小的質(zhì)量偏差窗口（如 10 ppm）目標(biāo)性 地抽提同一肽段的多個(gè)子離子，計(jì)算子離子的強(qiáng)度，就能 對(duì)該肽段進(jìn)行鑒定和定量。相比傳統(tǒng)的基于母離子強(qiáng)度的 DDA 定量，DIA 定量具有選擇性好和定量準(zhǔn)確等優(yōu)點(diǎn)，因 此 DIA 成為定量蛋白組學(xué)新的熱門發(fā)展方向(2)。
賽默飛Q Exactive HF 是賽默飛世爾科技在 2014 年的 ASMS 上 推出的全新靜電場(chǎng)軌道阱超高分辨質(zhì)譜儀(3, 4)。Q Exactive HF 采用了分段式四級(jí)桿技術(shù)（Advanced Quadrupole Technology，AQT）使離子傳輸效率至少提高了 2 倍；超 高場(chǎng) Orbitrap 技術(shù)，提高了 Orbitrap 掃描速度，在 15000 分辨率時(shí)，二級(jí)譜圖的掃描速度是 20 Hz。這兩項(xiàng)技術(shù)提 高了 Q Exactive HF 進(jìn)行 DDA 和 DIA 數(shù)據(jù)的采集能力。 本文用 Q Exactive HF 質(zhì)譜，90 min 色譜梯度對(duì)酵母蛋白 質(zhì)組進(jìn)行 DIA 定量分析，考察 Q Exacive HF DIA 定量的 能力。
實(shí)驗(yàn)材料和方法
兩種狀態(tài)的酵母（A,B），樣品中加入iRT 肽段用于保留 時(shí)間校正，分別取 1 µg 進(jìn)行 DDA 和 DIA 數(shù)據(jù)采集，DDA 用于建立譜圖庫(kù)，DIA 用于定量，每種采集模式重復(fù) 3 遍。
液相色譜分離
液相色譜儀：Thermo Scientific Easy-nLC 1000；色譜柱： analytical column（C18，3 µm，100Å，75 µm x 15 cm）； 流 動(dòng) 相：A：0.1% Formic acid in water；B：0.1% Formic acid in Acetonitrile； 梯 度： 3% - 10% B in 5 min, 10% - 30% B in 76 min，30%-90% B in 5 min, 90% - 90% B in 4 min；流速：300 nL/min