單細胞轉(zhuǎn)錄組就是某一時刻單個細胞內(nèi)所有mRNA總表達量，其表達量反映該細胞的總體特征。單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的出現(xiàn)使得我們可以把研究的精度從組織多細胞層面精確到單個細胞領(lǐng)域，可以單獨研究某個細胞或者某群細胞具體的特征，特別是對于細胞發(fā)育、腫瘤微環(huán)境、單細胞圖譜繪制方面發(fā)揮了關(guān)鍵作用。
普通轉(zhuǎn)錄組的思路也可以應(yīng)用到單細胞轉(zhuǎn)錄組。普通轉(zhuǎn)錄組相當于把一群細胞或一個器官混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質(zhì)性。而且這些細胞群中會存在不同類型的細胞，尤其是當我們對整個組織或者器官進行測序時，它們本身就是由不同類型的細胞組成的，而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測序，相當于掩蓋住了這些不同的細胞類型的差異，展示的是整個組織的平均的狀態(tài)，所以說單細胞從這個來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個細胞測，不是用一堆細胞測。
單細胞轉(zhuǎn)錄組，第一步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多，物理切割，酶消化，F(xiàn)ACS分選等。假如已經(jīng)分到了一個單細胞，跟常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的，難建庫成功。
