上海單細(xì)胞分離是研究中困難的步驟之一，目前的分離策略主要分為三類：手動分離、熒光激活的細(xì)胞分選和微流體技術(shù)。
在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄分析之前，我們需要確定自己拿到了正確的細(xì)胞。如果你想要的細(xì)胞已經(jīng)處于懸浮狀態(tài)（比如循環(huán)腫瘤細(xì)胞），而且含量相對比較豐富，那么流式細(xì)胞分析將是你的理想選擇。如果樣本是實體組織，我們可以用酶分解掉膠原和其他細(xì)胞外蛋白。不過酶學(xué)消化對細(xì)胞影響較大，甚至可能改變基因轉(zhuǎn)錄情況。
把組織細(xì)胞制成懸液之后，我們就可以通過特異性的熒光標(biāo)簽分離出自己想要的細(xì)胞，進(jìn)一步拿到單細(xì)胞是比較棘手的一步，可能需要用到微流體設(shè)備。
單細(xì)胞分離法是一種從待分離的材料中直接分離單個細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng)獲得純培養(yǎng)的方法。該法在顯微鏡下操作，對于體積較大的微生物，可以用毛細(xì)管提取微生物個體；對較小的細(xì)胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環(huán)等挑取以獲得單細(xì)胞；也可將適當(dāng)稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個細(xì)胞的液滴培養(yǎng)。
上海單細(xì)胞分離實驗基本步驟流程：
1.將懸浮細(xì)胞作簡單的染色（也可不染色直接分離）處理之后，用移液槍轉(zhuǎn)移到芯片中。
2.在芯片中細(xì)胞樣本，會隨著芯片通路中的設(shè)計以單細(xì)胞流的方式通過微流體通道。
3.在微流體通道的特定位置，有激光照射和熒光接收，檢測細(xì)胞熒光信號。
4.根據(jù)設(shè)定的熒光條件，將目的單細(xì)胞分離至孔板中（支持96孔板/384孔板）。
