LncRNA測(cè)序（人/小鼠/大鼠）10-12G

服務(wù)介紹：

lncRNA（Long non-coding RNA ，長(zhǎng)鏈非編碼RNA）是生物體內(nèi)一類長(zhǎng)度大于200個(gè)堿基的非編碼線性RNA，廣泛存在與真核生物細(xì)胞中。在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄以及轉(zhuǎn)錄后等多種水平上對(duì)生命活動(dòng)進(jìn)行關(guān)鍵性的調(diào)控，并且與癌癥等多種疾病的發(fā)生發(fā)展存在密切的關(guān)系。

實(shí)驗(yàn)流程：

樣本處理-TotalRNA抽提與質(zhì)檢-去除rRNA-構(gòu)建dUTP鏈特異性文庫-PE150測(cè)序-數(shù)據(jù)分析； 

送樣運(yùn)輸要求：

1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品的量：新鮮組織 ≥300mg, 細(xì)胞樣品≥1×107個(gè),  RNA樣品需提供5μg以上的總RNA

3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。

5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。 

主要問題：

1. lncRNA有什么功能?主要用于那些研究?

主要有四方面功能:第一，影響周邊基因的表達(dá)；第二，調(diào)控蛋白質(zhì)活動(dòng)及定位；第三，產(chǎn)生小分子RNA；第四，對(duì)其它tRNA的調(diào)控作用。

lncRNA適用于疾病特異標(biāo)志物尋找，功能基因組研究等。

2. lncRNA的建庫方案?

長(zhǎng)非編碼RNA建庫主要采用ribozero kit去除rRNA，根據(jù)客戶需求建鏈特異性文庫or普通文庫。

3. 為什么要去rRNA?

RNA測(cè)序其實(shí)想得到的是mRNA和lncRNA的信息，但是總RNA當(dāng)中絕大部分都是rRNA，這些RNA的信息是無用的，所以需要去掉。

4. 什么是鏈特異性文庫?

鏈特異性文庫是在RNA-seq文庫構(gòu)建時(shí)，經(jīng)過簡(jiǎn)單處理，在合成第二條cDNA鏈時(shí)，替換dTTP為dUTP，加上接頭后降解第二條鏈。與普通文庫相比，鏈特異建庫可以幫助我們確定轉(zhuǎn)錄本來自正鏈還是負(fù)鏈，使得反義轉(zhuǎn)錄本的定量更為準(zhǔn)確。

5. 為什么不用oligo(T)的方法提取RNA?

大部分的lncRNA不含polyA，但是還有24%左右的lncRNA含有polyA。

6. 測(cè)序的數(shù)據(jù)量要求多少?

測(cè)序模式：2×150bp；數(shù)據(jù)量：10G/sample。

7. LncRNA-seq中的數(shù)據(jù)是否同時(shí)有l(wèi)ncRNA和mRNA?

根據(jù)rRNA去除的建庫方案，測(cè)序結(jié)果中既包含lncRNA，也包括mRNA，所以客戶在做lncRNA項(xiàng)目的同時(shí)，也可以利用同一套測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行mRNA的分析。

8. lncRNA-seq分析內(nèi)容有哪些?

分析報(bào)告包括：測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量分析、參考基因組比對(duì)分析、轉(zhuǎn)錄組組裝與新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)、新長(zhǎng)鏈非編碼RNA預(yù)測(cè)、已知轉(zhuǎn)錄本和新長(zhǎng)鏈非編碼轉(zhuǎn)錄本的差異表達(dá)、長(zhǎng)鏈非編碼 RNA 靶標(biāo)基因預(yù)測(cè)、差異基因功能分析、以及GSEA富集分析。

9. lncRNA在動(dòng)物中的研究主要集中在那些方面?

lncRNA在四足動(dòng)物(兩棲類，爬行類，鳥類，哺乳類)中都有報(bào)到，但是主要集中在人和小鼠中，主要與癌癥，神經(jīng)系統(tǒng)類疾病以及其他綜合癥疾病相關(guān)，有報(bào)道的主要相關(guān)疾病列表如下:癌癥(肝癌，食道癌，前列腺癌，白血病，肺癌，結(jié)腸癌，B細(xì)胞瘤，卵巢癌，乳腺癌，皮膚癌，內(nèi)分泌性腫瘤)，神經(jīng)系統(tǒng)類疾病(精神分裂癥，Prader-Willi綜合癥，自閉癥)，綜合癥類疾病(DiGeorge綜合癥，Russell-Silver綜合癥，Beckwith-Wiedemann綜合癥)

10. lncRNA在植物方面的研究主要有哪些?

植物方面，在擬南芥，水稻，玉米，小麥等植物中檢測(cè)了lncRNA。lncRNA在植物中的調(diào)控機(jī)制可能有四種:靶基因相似，轉(zhuǎn)錄干擾，RPC2相關(guān)的組蛋白和DNA甲基化，主要與植物開花，雄性不育，脅迫反應(yīng)，營(yíng)養(yǎng)代謝相關(guān)。