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1、形態(tài)學(xué)特征
（1）細(xì)胞形態(tài)
在顯微鏡下觀察細(xì)胞外形大小、形狀、排列等，細(xì)胞構(gòu)造，革蘭氏染色反應(yīng)，能否運動、鞭毛著生部位和數(shù)目，有無芽孢和莢膜、芽孢的大小和位置，放線菌和真菌的繁殖器官的形狀、構(gòu)造，孢子的數(shù)目、形狀、大小、顏色和表面特征等。
（2）群體形態(tài)
群體形態(tài)：在一定的固體培養(yǎng)基上生長的菌落特征，包括外形、大小、光澤、黏稠度、透明度、邊緣、隆起情況、正反面顏色、質(zhì)地、氣味、是否分泌水溶性色素等；在一定的斜面培養(yǎng)基上生長的菌苔特征，包括生長程度、形狀、邊緣、隆起、顏色等；在半固體培養(yǎng)基上經(jīng)穿刺接種后的生長情況；在液體培養(yǎng)基中生長情況，包括是否產(chǎn)生菌膜，均勻渾濁還是發(fā)生沉淀，有無氣泡，培養(yǎng)基的顏色等。如是酵母菌，還要注意是成醭狀、環(huán)狀還是島狀。
2、生理生化反應(yīng)特征
（1）利用物質(zhì)的能力
對各種碳源利用的能力（能否以CO2為*碳源、各種糖類的利用情況等）、對各種氮源的利用能力（能否固氮、硝酸鹽和銨鹽利用情況等）、能源的要求（光能還是化能、氧化無機(jī)物還是氧化有機(jī)物等）、對生長因子的要求（是否需要生長因子以及需要什么生長因子等）。
（2）代謝產(chǎn)物的特殊性
如是否產(chǎn)生H2S、吲哚、CO2、醇、有機(jī)酸，能否還原硝酸鹽，能否使牛奶凝固、凍化等。
（3）與溫度和氧氣的關(guān)系
測出適合某種微生物生長的溫度范圍以及它的zui適生長溫度、zui低生長溫度和zui高生長溫度。對氧氣的關(guān)系，看它是好氧、微量好氧、兼性好氧、耐氧還是專性厭氧。
3、生態(tài)學(xué)特征
主要包括它與其他生物之間的關(guān)系（是寄生還是共生，寄主范圍以及致病的情況）。在自然界的分布情況（pH情況、水分程度等）、滲透壓情況（是否耐高滲、是否有嗜鹽性等）。
4、血清學(xué)反應(yīng)
很多細(xì)菌有十分相似的外表結(jié)構(gòu)（如鞭毛）或有作用相同的酶（如乳酸桿菌屬內(nèi)各種細(xì)菌都有乳酸脫氫酶）。雖然它們的蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)各異，但在普通技術(shù)下（如電子顯微鏡或生化反應(yīng)），仍無法分辨它們。然而利用抗原與抗體的高度敏感特異性反應(yīng)，就可用來鑒別相似的菌種，或?qū)νN微生物分型。
用已知菌種、型或菌株制成的抗血清，與待鑒定的對象是否發(fā)生特異性的血清學(xué)反應(yīng)來鑒定未知菌種、型或菌株。
該法常用于腸道菌、噬菌體和病毒的分類鑒定。利用此法，已將傷寒桿菌、肺炎鏈球菌等菌分成數(shù)十種菌型。
5、生活史
生物的個體在一生的生長繁殖過程中，經(jīng)過不同的發(fā)育階段。這種過程對特定的生物來講是重復(fù)循環(huán)的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。
6、對噬菌體的敏感性
與血清學(xué)反應(yīng)相似，各種噬菌體有其嚴(yán)格的宿主范圍。