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技術(shù)文章

胞外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)

閱讀:899          發(fā)布時(shí)間:2010-11-25

由于RNA聚合酶一般由數(shù)個(gè)次單元組合而成,早先要在試管內(nèi)應(yīng)用RNA聚合酶的轉(zhuǎn)錄活性合成RNA并非易事,但這個(gè)問題在SP6, T3 及T7 等噬菌體的RNA聚合酶陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)以后,情況已*改觀。這主要是因?yàn)檫@類RNA聚合酶由一條多勝肽 (polypeptides) 所構(gòu)成,其在進(jìn)行轉(zhuǎn)錄反應(yīng)時(shí)所須辨認(rèn)的啟動(dòng)子長(zhǎng)度僅20bp左右,而且轉(zhuǎn)錄起始位置非常明確,轉(zhuǎn)錄效能良好,成了目前進(jìn)行胞外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)時(shí)的*選擇。要進(jìn)行胞外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)時(shí),僅需將目標(biāo)基因次選殖 (subclone)至帶有SP6, T3 或T7 啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄載體,或者運(yùn)用PCR技術(shù)在基因的一端加上SP6, T3 或T7 啟動(dòng)子的序列,即可運(yùn)用對(duì)應(yīng)的RNA聚合酶活性在試管內(nèi)合成正意股或反意股RNA。 以質(zhì)體DNA為模版進(jìn)行胞外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)前,應(yīng)先用限制酶自目標(biāo)基因的一端切開,以免轉(zhuǎn)錄反應(yīng)持續(xù)進(jìn)行至載體的序列 (run-on),但在選擇限制酶切位時(shí)應(yīng)避免使用目標(biāo)基因也帶有的切位;限制酶內(nèi)切好的質(zhì)體DNA經(jīng)phenol/chloroform萃取的后,即可用來進(jìn)行。

    儀器用具:微量離心機(jī)
    藥品試劑:    Plasmid DNA 酵解產(chǎn)物pBlueGus/HindIII 及pBlueGus/BamHI;5×Transcription buffer (200 mM Tris-Cl, pH 8.0; 40 mM MgCl2; 10 mM;spermidine-(HCl)3; 125 mM NaCl; Roche)NTPs (含ATP, CTP, GTP 及UTP 各2.5 mM);RNase 抑制劑RNasin (40 U/μL);T7 與T3 RNA polymerase (Roche)??;dH2O/DEPC;100 mM DTT (dithiothreitol);DNase (RNase-free)
Phenol/chloroform/isoamyl alcohol (25:24:1), 以下簡(jiǎn)稱PCI;Chloroform/isoamyl alcohol (24:1), 以下簡(jiǎn)稱CI
    方法步驟:
    1) 取4 支1.5 mL 微量離心管,分別標(biāo)示 #1, #2, #3 與 #4,再依下表依序在#1 與 #2 加入所需各項(xiàng)試劑 (單位 μL):
?? 注意: 在逐一加入各項(xiàng)反應(yīng)試劑時(shí),微量離心管維持于室溫即可,以免在低溫時(shí),DNA 遇到轉(zhuǎn)錄緩沖液所含spermidine 產(chǎn)生沉淀。進(jìn)行下列實(shí)驗(yàn)時(shí),請(qǐng)務(wù)必戴手套!
    2) 以手指頭輕彈離心管壁使混合均勻,離心數(shù)秒后放置于37℃恒溫水槽作用1 h。
    3) 反應(yīng)結(jié)束時(shí),自 #1 與 #2 分別取出4 μL反應(yīng)物,放到微量離心管 #3 與 #4中,將 #3 與 #4 存放于 -20℃冷凍柜中。
    4) 取1 μL DNase 加到 #1 與 #2,混合均勻后放置于37℃作用15 min,以便去除DNA 模版。
    5) 反應(yīng)結(jié)束后,加入53 μL dH2O/DEPC,以100 μL PCI萃取一次,劇烈震蕩后,離心14,000 rpm 5 min。
    6) 以微量移液器P200 將上層液移至一新的微量離心管,下層的PCI以100 μLdH2O/DEPC反萃取 (back-extraction) 一次。
    7) 以微量移液器P200 將上層液移至步驟6) 的新離心管。
    8) 估計(jì)兩次上層液聚集的后的總體積,并以等體積的CI 萃取一次,劇烈震蕩后,離心14,000 rpm 5 min。
    9) 以微量移液器P200 將上層液移至一支新的微量離心管,加入0.1 倍體積的3 M NaOAc (pH 5.2) 及2.5 倍體積的酒精。
    10) 混合均勻,并置于 -20℃過夜,以便沉淀RNA。
    隔天:
    1) 自冷凍柜取出微量離心管,以14,000 rpm 于4℃離心10 min。
    2) 仔細(xì)移去上清液的后,加入0.5 mL 70%酒精。
    3) 以14,000 rpm 于4℃離心5 min。
    4) 去除上清液的后,將微量離心管倒置于一張干凈的衛(wèi)生紙上大約30 min,以便風(fēng)干RNA。
    5) 以10 μL dH2O/DEPC溶解RNA沉淀

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