原核轉(zhuǎn)錄組測序（mRNA+sRNA）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2023/3/3 17:05:53
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大家好，這是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。
原核轉(zhuǎn)錄組測序可以從基因表達量、基因結(jié)構(gòu)和sRNA調(diào)控功能三維度揭示不同生物性狀的分子調(diào)控機制。如通過計算各組間的差異基因并對差異基因進行富集分析，獲得對生物性狀影響較大的通路信息；通過預(yù)測基因的反義轉(zhuǎn)錄本，豐富基因組注釋內(nèi)容；研究sRNA對mRNA的相互作用，從分子調(diào)控角度解釋生物性狀之間的差異。
易基因針對檢測原核菌個性化設(shè)計rRNA去除探針，利用高通量技術(shù)對原核細胞所產(chǎn)生的所有mRNA和sRNA（非編碼RNA）進行測序。系統(tǒng)全面解析特定細胞所產(chǎn)生的mRNA和sRNA對生物性狀的影響。
研究方向：
原核轉(zhuǎn)錄組測序是專業(yè)針對原核微生物設(shè)計開展的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。
基因表達量分析
差異基因鑒定
非編碼RNA鑒定等
技術(shù)優(yōu)勢：
針對原核生物設(shè)計去除rRNA專屬探針，rRNA去除效果好。
同時分析sRNA與mRNA的互作關(guān)系，更加全面解讀表達互作網(wǎng)絡(luò)。
技術(shù)路線：
實驗策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
經(jīng)典案例：
嗜水氣單胞菌的原核轉(zhuǎn)錄組研究
Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.
背景
嗜水氣單胞菌是魚類運動性氣單胞菌敗血癥的病原體。嗜水氣單胞菌的發(fā)病機制是復(fù)雜的、多因素的，涉及粘附素、毒素和鐵元素攝取系統(tǒng)等多種毒力因子。盡管不斷有新的毒力因子被人們發(fā)現(xiàn)，但這種細菌的致病機制仍不清楚。
方法
IolR是一種轉(zhuǎn)錄抑制因子，可以負向調(diào)節(jié)肌醇代謝活性。作者在養(yǎng)殖死亡的鯉魚中分離出來嗜水氣單胞菌NJ-35細菌，采用同源重組的方法構(gòu)建了一株IolR基因缺失菌株，將ΔiolR突變體菌株與野生型菌株進行比較分析。對細菌在LB培養(yǎng)基上的生長情況進行評估，并進行轉(zhuǎn)錄組比較分析和qRT-PCR驗證，以鑒定IolR在嗜水氣單胞菌NJ-35中的功能。
結(jié)論
本研究證實IolR通過下調(diào)嗜水氣單胞菌RpmA的表達來抑制細胞的自聚集和生物膜形成，從而進一步減少與鈣的接觸機會，進而抑制凝集形成和生物膜的形成所需的細胞-細胞相互作用。這項研究對IolR在嗜水氣單胞菌中的作用提供了理論基礎(chǔ)，并為尋找治療這種細菌感染的藥物靶點提供了新的線索。
原核轉(zhuǎn)錄組分析表明差異表達基因大多涉及膜部分、轉(zhuǎn)運、細胞代謝和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等功能
參考文獻：
Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.
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